پس از حمله قبلی گودزیلا، یک مسابقه تسلیحاتی کوچک برای جمع‌آوری سلول‌های او آغاز می‌شود. دولت ژاپن که نگران بازگشت احتمالی گودزیلا است، از این سلول‌ها برای ساخت یک سلاح زیستی جدید به نام ANEB (باکتری انرژی ضد هسته‌ای) استفاده می‌کند. آن‌ها از یک متخصص ژنتیک به نام گنشیرو شیراگامی کمک می‌خواهند که آزمایش‌های او منجر به یک جهش ژنتیکی جدید می‌شود.

آینده‌پژوهان، مسافران زمانی از قرن بیست‌وسوم، وارد ژاپن می‌شوند تا به آن‌ها درباره نابودی کشور به دست گودزیلا هشدار دهند. آن‌ها پیشنهاد می‌کنند که با جلوگیری از خلق گودزیلا، او را از تاریخ حذف کنند. با ناپدید شدن ظاهری گودزیلا، هیولای جدیدی ظاهر می‌شود و نیت واقعی مسافران زمان برملا می‌گردد.

همتای تاریک موترا یعنی باترا، ظهور می‌کند تا به نمایندگی از زمین، بشریت را نابود کند. دو پری کوچک به نام کازموس با فراخواندن موترا برای مبارزه با این موجود، کمک خود را ارائه می‌دهند. متأسفانه یک شهاب‌سنگ باعث بیدار شدن گودزیلای در حال خواب زمستانی شده و نبردی سه‌جانبه برای بقای زمین آغاز می‌شود.

مرکز مقابله با گودزیلا در سازمان ملل بقایای مگا-کینگ گیدورا را بازیابی کرده و مگاگودزیلا را به عنوان سلاحی برای مقابله با گودزیلا می‌سازد. در همین حال، یک تخم غول‌پیکر به همراه هیولای جدیدی به نام رودان کشف می‌شود. به زودی مشخص می‌شود که این تخم چیزی نیست جز نوزاد گودزیلاسوروس.

یک موجود فضایی مرموز شبیه به گودزیلا با سرعت به زمین نزدیک می‌شود. این هیولا که «گودزیلای فضایی» نامیده می‌شود، برای به چالش کشیدن پادشاه هیولاها روی زمین فرود می‌آید.

یک گودزیلای سوزان که در آستانه فروپاشی و انفجار است، برای محاصره هنگ‌کنگ ظاهر می‌شود. هم‌زمان، موجودات هولناک جدیدی در ژاپن کشف می‌شوند. به نظر می‌رسد این موجودات سخت‌پوست‌مانند، از ناوشکن اکسیژن متولد شده‌اند؛ همان سلاحی که گودزیلای اصلی را از بین برد.

دو کشاورز فقیر و متاهل به تازگی تنها فرزند خود را از دست داده‌اند؛ پس از یک ملاقات عجیب و غریب، آن‌ها یک پیله فضایی را باز می‌کنند تا به دختر جدید خود خوش‌آمد بگویند.